صندوق الأدوات

تساعد قواعد البيانات والخوارزميات وأدوات الإنترنت الأخرى - التي تم تطويرها في معهد وايزمان للعلوم - العلماء في جميع أنحاء العالم على إيجاد طريقهم في تدفق المعلومات الناشئة عن مشروع رسم خرائط الجينوم البشري وفك تشفيره، ومن مشاريع أخرى في هذا المجال. يرجى التعرف على اثنتين من الأدوات الأكثر شيوعًا.

سكين الجيش السويسري للتنقيب عن البيانات "أداة غير عادية، مثل سكين الجيش السويسري الأسطوري"، يثير حماسة عالم ألماني. "محطتي الأولى عندما أصادف حديقة لا أعرف عنها شيئًا (وهو ما يحدث كثيرًا)"، يكتب باحث من اسكتلندا. "مورد رائع"، تؤكد ممرضة رحيمة من مركز طبي كبير في ولاية أوهايو. هذه عينة محدودة من الثناء الذي يشيد به علماء الأحياء والأطباء والطلاب على GeneCards، وهي قاعدة البيانات التي تم تطويرها في معهد وايزمان للعلوم، والتي تشمل جميع الجينات - المعروفة والمتوقعة - الموجودة في الجسم البشري. ركزت المدونة على المعلوماتية الحيوية، BioGPS، وصنفت GeneCards على أنها "الأداة الأكثر شيوعًا لتحديد موقع المعلومات الجينية على الإنترنت".

تعد GeneCards البالغة من العمر 13 عامًا بالفعل "الجد" من حيث مصطلحات الإنترنت، ولكنها أكثر شعبية من أي وقت مضى. فهو يجتذب حوالي نصف مليون زيارة شهريًا، يقوم بها علماء وطلاب من حوالي 1,000 جامعة ومستشفى وشركات التكنولوجيا الحيوية ومؤسسات أخرى حول العالم. تقول المهندسة مارلين شافيرن، رئيسة فريق تطوير GeneCards: "إن سر النجاح يأتي من حقيقة أنها تظل سهلة الاستخدام على الرغم من نطاقها الكبير: فهي تجمع معلومات من حوالي 80 مصدرًا مختلفًا، بما في ذلك معلومات عن المنتجات الجينية للجينات". الشركات التجارية."

تقدم GeneCards صفحة ويب لكل جين. ويتم تحديثها بانتظام باستخدام برامج استخراج البيانات - "الروبوتات" الذكية التي تبحث في قواعد البيانات الجينومية والمواقع المختلفة، وتقدم هذه المعلومات بطريقة تسهل قراءتها. كما أنه يقوم بترتيب نتائج كل بحث، بحيث تظهر النتائج الأكثر صلة في أعلى القائمة.

بدأ تطوير GeneCards في عام 1997 في مختبر البروفيسور دورون لانتز من قسم علم الوراثة الجزيئية في معهد وايزمان للعلوم.

وضم الفريق بعد ذلك الدكتور حاييم بريلوسكي، رئيس وحدة المعلوماتية الحيوية حاليا في المعهد، بالإضافة إلى باحثي ما بعد الدكتوراه الدكتور مايكل ربان، الذي يشغل حاليا منصبا رفيعا في صناعة الأدوية في سويسرا، والدكتور فارد خليفة- كاسفي، يشغل حالياً منصب رئيس وحدة المعلوماتية الحيوية في جامعة بن – غوريون في النقب. كان النهج الذي تعتمد عليه GeneCards رائدًا، حيث كان بمثابة نموذج أولي لقواعد البيانات والعديد من تطبيقات الجينوم الأخرى.

موسوعة البروتينات

تم منح أكثر من اثنتي عشرة جائزة نوبل، بما في ذلك الجائزة التي حصلت عليها البروفيسورة آدا يونات من معهد وايزمان للعلوم عام 2009، للعلماء الذين درسوا تركيب الجزيئات البيولوجية الكبيرة. تزين الصور ثلاثية الأبعاد للبروتينات بانتظام أغلفة المجلات العلمية الرائدة، ولكن حتى علماء الأحياء ذوي الخبرة يكافحون أحيانًا لفك رموز المعرفة البنيوية، ناهيك عن دمجها في أبحاثهم. وهذا هو بالضبط المكان الذي تدخل فيه بروتيوبيديا، الحائزة على جائزة لابي للوسائط المتعددة لهذا العام، في الصورة 2010، منحت من قبل المجلة العلمية The Scientist. هذه موسوعة للهياكل ثلاثية الأبعاد للبروتينات والجزيئات البيولوجية الكبيرة الأخرى، والتي تم إنشاؤها في معهد وايزمان للعلوم. وهذا المورد سهل الاستخدام ومتاح للعلماء في جميع أنحاء العالم مجانًا.

منذ إنشائها في عام 2007، ظلت Proteopedia تنمو وتتطور باستمرار. ويضم اليوم حوالي 70 ألف مبنى تفاعلي. يمكن تدوير كل واحد منهم أو تكبيره على الشاشة. من الممكن أيضًا تغيير طريقة عرض الهياكل أثناء قراءة النص المصاحب: يؤدي النقر على كلمات معينة في النص إلى ضبط العرض بحيث تركز على التفاصيل ذات الصلة. تعتمد Proteopedia على برنامج WIKI، الذي يسمح للمستخدمين بتغيير المحتوى (كما هو الحال في ويكيبيديا)، والذي يتيح تبادل المعلومات بين العلماء. ولكن على عكس ويكيبيديا، يُسمح فقط للعلماء الخبراء في مجالهم بإجراء التغييرات.

تم تطوير Proteopedia من قبل فريق من العلماء من معهد وايزمان للعلوم، بقيادة البروفيسور يوئيل سوسمان من قسم البيولوجيا الهيكلية، والدكتور حاييم بريلوسكي من الخدمات البيولوجية، وعيران هوديش من قسم علوم الكمبيوتر والرياضيات التطبيقية.

يضم الفريق الحالي لمطوري GeneCards 12 طالبًا بحثيًا وباحثين ما بعد الدكتوراه ومبرمجين: ميرلين شافران، د. جيل شتلزر، د. إريك هاريل، إيرينا ديلا، نعومي روزين، نعوم ناتيف، د. تسيبورا عيني شتاين، ألكسندرا ميدي، د. إيريس باهر، حجيت كروج، د. مايكل شمويش (من التخنيون) والبروفيسور دورون لانتز. واليوم، يواصل الفريق تطوير تطبيقات وخوارزميات جديدة، مثل GeneDecks، الذي يسمح بتحديد مشاركة الميزات في مجموعات من الجينات، وGeneALaCart، الذي يعرض جداول ملائمة مع ميزات العديد من الجينات حسب الطلب. ويأتي تمويل البحث، من بين أمور أخرى، من عائدات شركة Xennex، التي أنشأت "معرفة البحث والتطوير" لتمكين الاستخدام التجاري لـ GeneCards.

صنعها المعهد

صنع في وايزمان هو اسم ندوة حول أدوات الإنترنت ذات الأهمية العالمية التي تم تطويرها في معهد وايزمان للعلوم، والتي ستعقد في المعهد في 26 يناير 2011. ومن المواضيع التي سيتم مناقشتها في المؤتمر: طرق لتشجيع الإبداع وتحسين نقل الأدوات التي تم تطويرها في معهد الصناعة ومراكز البحوث. يمكن العثور على جميع البرامج التي تم تطويرها في معهد وايزمان للعلوم على الموقع الإلكتروني: http://miw.weizmann.ac.il/